超算云
AI智算云
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一個(gè)物種如何在群落中對(duì)這樣的生物環(huán)境做出反應(yīng)，最終導(dǎo)致其進(jìn)化，一直是生態(tài)進(jìn)化生物學(xué)家們感興趣的話題。我們研究了兩種細(xì)菌共培養(yǎng)過(guò)程中的相互作用。我們通過(guò)全基因組測(cè)序確定了大量的單核苷酸多態(tài)性(SNPs)，作為預(yù)測(cè)表型性狀變異的遺傳標(biāo)記。應(yīng)用全基因組關(guān)聯(lián)研究(GWAS)確定了控制兩個(gè)物種間競(jìng)爭(zhēng)的基因座。在大腸桿菌中，與共培養(yǎng)菌株相比，顯著SNPs會(huì)影響最大生長(zhǎng)率的變化，部分顯著SNPs也會(huì)影響了單培養(yǎng)菌株和共培養(yǎng)菌株最大生長(zhǎng)率的變化。
平臺(tái)使用&研究方法
利用超算云平臺(tái)研究了大腸桿菌和金黃色葡萄球菌的表型可塑性，兩種微生物在單培和共培養(yǎng)條件下的相互作用。在面對(duì)環(huán)境變化時(shí)，物種間的相互作用不僅會(huì)引起物種豐度和分布的生態(tài)變化，還會(huì)影響組成物種的進(jìn)化，這進(jìn)而影響生態(tài)系統(tǒng)的功能。在超算云平臺(tái)的超級(jí)計(jì)算機(jī)幫助下，通過(guò)構(gòu)建數(shù)理、工程及生命科學(xué)模型對(duì)兩種微生物單培、共配條件下的豐度進(jìn)行分析。
